Hypoteesina on esitetty, että yksi ensisijaisista kognitiivisista puutteista autismissa on eksekutiivinen eli toimeenpanemisen vaikeus. Se edellyttää strategioiden suunnittelua tavoitteiden saavuttamiseksi. Autismin kirjon henkilön arkea hankaloittaa puuttuva kyky suunnitella tulevaisuutta. (Schreibman 2005, 118; Kerola & Kujanpää 2009, 116.)

Autismin kirjon henkilöillä on tunnetusti vaikeuksia suunnitella strategioita tavoitteiden saavuttamiseksi, aloittaa asioita tai saattaa niitä loppuun. Tutkijat ovat arvelleet, että toimeenpanemisen vaikeudet voivat olla vastuussa myös puutteista mielen teoriassa (Theory of Mind). (Schreibman 2005, 118; Kerola & Kujanpää 2009, 116.)

Eksekutiiviset vaikeudet selittävät myös muita autismin oireita kuten yksilön rajoitetut kiinnostuksen kohteet ja muutosten vastustamisen, koska nämä oireet selvästi osoittavat joustavuuden puutteesta. Tämän hypoteesin avulla voidaan myös selittää autismin yhteydessä esiintyviä ”sirpaletaitoja”, sillä sellaisiin taitoihin liittyy yleensä ylikeskittynyt, yksipuolinen lähestymistapa. Eksekutiivisten vaikeuksien hypoteesi ei kuitenkaan täytä kriteereitä yhdessä asiassa ollakseen yksi ensisijaisista autismiin liittyvistä kognitiivisista puutteista: se ei näytä olevan erityisesti autismiin kuuluva. Eksekutiivisten toimintojen vaikeuksia löytyy myös muista diagnooseista, kuten tarkkaavaisuushäiriöstä (ADD), Touretten oireyhtymästä, pakko-oireisesta häiriöstä ja skitsofreniasta. Lisäksi vaikka tutkijat ovat yrittäneet liittää etuaivokuoren mahdolliseksi biologiseksi perustaksi eksekutiivisille vaikeuksille, sitä ei ole toistaiseksi pystytty todistamaan. (Schreibman 2005, 118–119.)